Cuando arrancas windows 2008R2 hace un chequeo que demora el arranque para quitarlo debemos ejecutar el comando
chkntfs /x c: d: f:
El tipo del sistema de archivos es NTFS.
El tipo del sistema de archivos es NTFS.
El tipo del sistema de archivos es NTFS.
Podemos mirar en el registro de sistema la entrada:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CURRENTCONTROLSET\CONTROL\Session Manager
si mirais antes de ejecutar el comando aparecerá: autocheck autochk *
si lo mirais después aparecera: autocheck autochk /k:c /k:d /k:f *
mas detalle sobre este tema en:
http://support.microsoft.com/kb/218461